Fakturę zaliczkową wystawia się tak jak inne dokumenty z okna głównego programu. Jako rodzaj dokumentu należy wybrać Faktura zaliczkowa.

Przy pierwszym wystawianiu faktury zaliczkowej może pojawić się poniższy komunikat.

Faktura zaliczkowa generowana jest na podstawie zamówienia. Zgodnie z komunikatem, wystawienie faktury zaliczkowej jest równoznaczne z wystawieniem zamówienia od klienta. Zatem w zakładce Pozycje wystawianego dokumentu należy dodać towary/usługi zgodnie z całym zamówieniem klienta. Natomiast w zakładce Nabywca/Odbiorca w polu Wartość zaliczki wpisać kwotę, jaką klient zapłacił (lub zapłaci).

Po wybraniu Akceptuj (F8) zaliczka zostanie wygenerowana. Wystawioną fakturę zaliczkową można znaleźć w menu Wydania -> Kartoteka faktur VAT zaliczkowych. W oknie tym można wystawić zwrot zaliczki, kolejną zaliczkę (do danego zamówienia) oraz fakturę końcową.

W celu wystawienia faktury zaliczkowej do już zapisanego w programie zamówienia należy wejść w menu  Zamówienia -> Zamówienia od klienta -> Kartoteka zamówień od klientów i wybrać Zaliczki.